Жителите на Южен Судан имат възможност да следват във висши учебни или в университет или професионално училище. Въпреки, че има недостиг на двете институции, няколко програми, които да се разшири сегашната пейзаж на висшето образование в Южен Судан.

Магистратурата е напреднала академична програма, която може да бъде завършена за около две години, при условие че студентите вече имат бакалавърска степен. Придобиването на степен MA помага на студентите да постигнат образователните си цели и да застанат здраво на професионалната пътека.